Half-Life II, Historia (2ª Parte)

Nihilant controlaba mentalmente aos Vortigaunt (que en realidade son criuaturas racionais e pensantes, á diferenza dos Headcrabs, Bullsquid, etc, que son salvaxes) mediante os brazaletes que observamos que oes poseen na primera entrega do xogo. Coa morte do administrador Combine en mans de Gordon Freeman, os Vortigaunts quedan liberados das súas cadeas e son toetransportadas xunto cons demáis Xenianos á Terra. Ao enterarse desto, a Alianza manda un exército a conquistar a Terra (que até o momento non a tiveran en conta, pero descubrindo así o gran potencial que pode haber entre os seus habitantes), para conquistar aos humanos e tamén aos xenianos.

Os Combine vencen ás forzas terrestres nunha guerra coñecida como a "Guerra das Sete Horas", masacre na que o Imperio Combine derrota á Terra e consegue a súa rendición en tan solo sete horas. O Dr. Wallace Breen, o antigo director do complexo Black Mesa, é nomeado como "Administrador" da Tierra e nombrase á Ciudad 17 a sede da súa administración. En cada unha desas cidades erixen xigantescas e kilométricas torres sobre a maioría dos centros urbanos; cada una destas estructuras son coñecidas como "ciudadoas". Dende alí, o Dr. Breen e os "Advisors", ou "Consoleros" (Entes con forma de gusano que representan aos verdadeiros Combine) dirixen tódalas operacións.

Parte dos humanos é capturada e mutada, e os seus membros pasan a ser reprogramados e conformar o exército de desplegue rápido Combine na Terra. Estos soldados son modificados xenéticamente e reprogramados mentalmente para impoñer o cruel dominio da Alianza. Estas forzas coñécenes como os Combine Overwatch, o "A Forza Transhumana". Outros humanos non aptos para formar parte deste grupo militar eran reconvertidos e adaptados para traballos de outro tipo. Os seus corpos convertronse en fráxiles carcasas vacías que só serven aos propósitos dos Combine, anque de igual forma deixaban a forma corpórea do humano que reconvertiran. Estos entes responden ao nome de "Acechadores" (Stalkers en inglés) pódense ver tanto ao final do xogo orixinal como durante a expansión, Episodio Un, onde o xogador debe enfrentalos. Tamén están as fozas Synth, robots sintéticos de grandes proporcións como os "Zancudos" (Striders en inglés), as "Naves de batalla" (Gunships) e "Naves de transporte Combine" (Dropships). Finalmente, para mantener a orde nas cidades conquistadas os Combine dispoñen dunha forza híbrida (ao igual cos "Overwatch") xunto con algúns humanos que se alistaban voluntariamente, na busca dunha vida mellor. Olos responden ao nome de "Protección Civil", ou Metrocops  no seu idioma orixinal, o inglés.

Pero los humanos crearon una Resistencia contra los Combine, que todos estos años ha intentado difícilmente hacer frente al Imperio Combine. Al comienzo do juego G-Man saca a Gordon de su estado de estasis y este despierta en Ciudad 17, en o camino se encontrará con antiguos personajes como Barney Calhoun, o Dr. Oi Vance, etc., que estarán más viejos por o paso de los años. La misión de Gordon será, junto con la Resistencia y sus “viejos amigos”, hacerle frente al Imperio Combine e intentar sacar a la Humanidad de la situación en la que está metida.